Construída no século XVI, sofre importantes reformas posteriores, a máis significativa en 1964. A porta lateral dereita, en arco de medio punto con doelas que descansan sobre as xambas, parece indicar a época na que se erixiu. Tamén se recoñece ese estilo na porta principal, aínda que a fachada foi restaurada. As pedras da porta son as orixinais porque puxéronse a colocar o máis fielmente posible en dita restauración. O templo ten unha nave de planta rectangular, muros de pedra calcaria e cuarzo.
O tellado é de lousa e está cuberto a dúas augas. A Sancristía chama moito a atención porque está pegada a un dos laterais da nave. É significativo, ademais, o campanario, tamén rehabilitado, que está formado por unha sola parede con ocos para as campás e está coroado por un remate triangular. O aspecto orixinal conservase tan ben que podería case pensarse que é románico.
San Xoán de Fonfría tivo un hospital de peregrinos que xa non existe na actualidade. Antigamente os peregrinos recibían lume, sal, auga da fonte desta localidade, de aí o nome do pobo, unha cama e dúas mantas para dormir.