O Museo de Historia Natural da SGHN conta con dúas plantas expositivas: a superior coa exposición permanente dividida nas salas terrestre e mariña, e a inferior onde acolle as temporais. A exposición permanente conta con coleccións únicas e moi relevantes, como son os esqueletos de cetáceos, onde é posible observar entre outros un de rorcual común de 18 m, un caldeirón común, unha candorca, un cachalote pigmeo e diversas especies de golfiños e arroaces, sendo unha das coleccións máis importantes do eido ibérico. Ademais destes, conta tamén con outros esqueletos e restos óseos de vertebrados terrestres (aves, mamíferos, réptiles,..), quenllas e unha lura xigante en líquidos conservantes, cunchas, dioramas con insectos, coleccións de madeiras e unha mostra interesante de réplicas a tamaño real de diferentes especies animais. Na planta inferior acolle diferentes temporais nas salas e no corredor entre despachos.

No mesmo edificio, de propiedade municipal logo de ter pertencido ao Ministerio de Defensa, conta tamén cun pequeno auditorio de arredor de 70 butacas e cunha biblioteca sobre natureza recollida na Rede de Bibliotecas Especializadas da Xunta de Galicia, e conserva varios arquivos documentais tanto da propia institución, como de antigos naturalistas e investigadores.

O museo ofrece visitas guiadas a demanda presenciais ou en liña de martes a venres. 

É destacable o feito de que a Sociedade Galega de Historia Natural (SGHN) mantén unhas normas éticas que non permiten que forme parte da mostra expositiva nada procedente de mostras recollidas ilegalmente, danadas ou sacrificadas con ese fin. Convén salientar a colección de cetáceos do Atlántico norte máis completa de Europa así como a de cetáceos fósiles, que acolle exemplares únicos no mundo que serviron para a descrición de especies novas para a Ciencia. 

A actividade do museo é posible grazas ás cotas das persoas asociadas á SGHN, ás doas do público visitante, ao patrocinio do Concello de Ferrol e a unha subvención puntual da Deputación da Coruña.