Siglo XVI...
Si en la Edad Media la Torre de Hércules sirvió como fortaleza y cantera, a partir del siglo XVI se inicia lentamente el proceso de su conservación y de la recuperación de su función de faro. En el siglo XVI la Torre, conocida como Castillo Viejo o Torre del Faro , sigue siendo, por su posición adelantada hacia el océano, una atalaya de aviso frente a las posibles amenazas y ataques procedentes del mar. Este puesto de vigilancia estaba bajo la responsabilidad del Ayuntamiento de la ciudad, quien pagaba a las personas que de día y de noche ejercían esa función. Por las excavaciones realizadas y la documentación conservada parece ser que ahora la Torre estaba rodeada de un pequeño foso y parapeto defensivo complementado con barreras de espino. La vigilancia en la Torre era ejercida por marineros o jubilados de la marina; de ellos se encontraron en las excavaciones restos de pipas de cerámica blanca y de placas de hueso con los agujeros redondos hechos para obtener botones, testimonios de sus actividades cotidianas al pie de la Torre.
También en esta época el Ayuntamiento coruñés inicia la protección de la Torre, y prohíbe en 1553 la extracción de perpiaños y piedras y ordena reparar las faltas que amenacen su estructura y las escaleras de madera que daban acceso a la base de la Torre.
Siglo XVII...
Si en la Edad Media la Torre de Hércules sirvió como fortaleza y cantera, será a finales del siglo XVII cuando la Torre de Hércules recupere de nuevo su función de faro.
En 1684, el Gobernador y Capitán General del Reino de Galicia, el Duque de Uceda, ordenó la construcción de una escalera interior de madera que permitiese el acceso a la parte superior de la Torre. Para hacerlo, perforaron las bóvedas de cañón romanas que separaban los tres pisos de la Torre. En la cara norte de la parte superior se realizó un pequeño balcón para facilitar la vigilancia.
Aprovechando el nuevo acceso, los cónsules de Inglaterra, Holanda y Flandes propusieron la construcción, a su cargo, en lo alto de la Torre de dos pequeñas torretas de piedra, cada una con su farola dotada con tres lámparas de aceite que serían encendidas todas las noches para ayudar a la navegación. Autorizada la obra por el Duque de Uceda y realizada por el arquitecto coruñés Amaro Antúnez, la Torre recuperó su primitiva función de faro. Para costear su construcción y el sostenimiento de las dos farolas se creó una nueva tasa que deberían pagar todos los barcos que arribasen a los puertos gallegos.
Siglo XVIII...
Pronto se mostró que las farolas de la Torre eran insuficientes. En el siglo XVIII hubo repetidos intentos de mejorar y reparar la Torre, pero no se llevaron a cabo. Progresivamente las condiciones empeoraron: primero dejó de funcionar una de las farolas y después, en 1769, un relámpago destruyó la que quedaba. De forma transitoria y para sustituir la estropeada, se colocaron tres farolas portátiles, imposibles de encender en épocas de mal tiempo. El constante deterioro de la Torre y la posibilidad de derrumbamiento obligaba a hacer importantes reparaciones, pero la falta de recursos impedía realizarlas.