La iglesia de San Antonio de Pádua formaba parte del conjunto conventual de San Francisco, al asentarse los frailes en la ciudad en 1642. Las obras del convento comenzaron en 1682, mientras que la iglesia estaría concluida en 1723. La fachada principal cuenta con las formas sencillas propias del barroco académico del momento. En el interior su esquema sigue las normas de la orden: tres naves, con altares en nichos las laterales, y coro amplio arriba. En el crucero destaca la poderosa cúpula y un espacio diáfano propio de la predicación franciscana.

El retablo mayor es obra anónima del año 1728, propio del barroco portugués. El antiguo convento pasaría a convertirse en 1850 en Seminario conciliar, conservando el claustro barroco y reformando el antiguo claustro abierto del norte en un patio cerrado en la primera mitad del siglo XX. A partir de 1959 se transformará en Seminario Menor San Paio.