Siglo XVI...
A partir do século XVI iníciase lentamente o proceso da súa conservación e da recuperación da súa función de faro. Neste século a Torre, coñecida como Castelo Vello ou Torre do faro , segue sendo, pola súa posición adiantada cara ao océano, unha atalaia de aviso fronte ás posibles ameazas e ataques procedentes do mar. Este posto de vixilancia estaba baixo a responsabilidade do Concello da cidade, quen pagaba ás persoas que de día e de noite exercían esa función. Polas escavacións realizadas e a documentación conservada parece ser que agora a Torre estaba rodeada dun pequeno foso e parapeto defensivo complementado con barreiras de espiño. A vixilancia na Torre era exercida por mariñeiros ou xubilados da mariña; deles atopáronse nas escavacións restos de pipas de cerámica branca e de placas de óso cos buracos redondos feitos para obter botóns, testemuños das súas actividades cotiás ao pé da Torre.
Tamén nesta época o Concello coruñés inicia a protección da Torre, e prohibe en 1553 a extracción de perpiaños e pedras e ordena reparar as faltas que ameacen a súa estrutura e as escaleiras de madeira que daban acceso á base da Torre.
Siglo XVII...
Será a finais do século XVII cando a Torre de Hércules recupere de novo a súa función de faro. En 1684, o Gobernador e Capitán Xeral do Reino de Galicia, o Duque de Uceda, ordenou a construción dunha escaleira interior de madeira que permitise o acceso á parte superior da Torre. Para facelo, perforaron as bóvedas de canón romanas que separaban o tres pisos da Torre. No cara norte da parte superior realizouse un pequeno balcón para facilitar a vixilancia.
Se na Idade Media a Torre de Hércules serviu como fortaleza e canteira, será a finales do século XVII cando recupere a súa función de faro.
Aproveitando o novo acceso, os cónsules de Inglaterra, Holanda e Flandres propuxeron a construción, ao seu cargo, no alto da Torre de dúas pequenas torretas de pedra, cada unha co seu farol dotado con tres lámpadas de aceite que serían acendidos todas as noites para axudar á navegación. Autorizada a obra polo Duque de Uceda e realizada polo arquitecto coruñés Amaro Antúnez, a Torre recuperou a súa primitiva función de faro. Para custear a súa construción e o sostemento dos dous farois creouse unha nova taxa que deberían pagar todos os barcos que arribasen aos portos galegos.
Siglo XVIII...
Axiña se mostrou que os farois da Torre eran insuficientes. No século XVIII houbo repetidos intentos de mellorar e reparar a Torre, pero non se levaron a cabo. Progresivamente as condicións empeoraron: primeiro deixou de funcionar un dos farois e despois, en 1769, un lóstrego destruíu o que quedaba. De forma transitoria e para substituír o estragado, colocáronse tres farois portátiles, imposibles de acender en épocas de mal tempo. A constante deterioración da Torre e a posibilidade de derrubamento obrigaba a facer importantes reparacións, pero a falta de recursos impedía realizalas.