Da cabeceira orixinal, formada por varias ábsidas, só se conserva a principal. No século XVII foron derrubadas as ábsidas laterais para levar a cabo a construción do deambulatorio. A estrutura románica vese tapada pola presenza de varios retablos. O principal, o retablo maior, foi obra de Cornelis de Holanda no século XVI. Dividido en 4 corpos e cinco vans, mostra escenas da vida de María e Xesús.

Continua o retablo maior a través duns colaterais barrocos (Castro Canseco, século XVIII) que serven para mostrar o martirio dos santos Facundo e Primitivo e o de Santa Eufemia. Na parte inferior de ambos os retablos instalouse o cadeirado baixo do coro renacentista trasladado desde a nave central. Pódense atopar tamén dous sepulcros: un do cardeal Quevedo, (século XIX) e outro de abundante decoración que non se sabe a quen pertence: o sepulcro do bispo descoñecido (gótico, século XIV). O ciborio (siglo XV-XVI) levántese uns 28 m de altura. Rematan o conxunto as reixas da capela maior (Celma, século XVI) recolocadas tras o traslado do coro; a do norte reproduce as virtudes e a do sur, a crucifixión.