Creado pola Deputación de Lugo no ano 1932 coa intención de reunir e protexer distintos bens do patrimonio da provincia dispersos en coleccións particulares e institucións públicas, o museo ocupou inicialmente unha das salas do Palacio Provincial de San Marcos. No ano 1957 trasládase á sede actual, integrada polas dependencias do antigo convento de San Francisco e un edificio de nova planta deseñado polo arquitecto Manuel Gómez Román. Dende esa data o museo foi sometido a diversas ampliacións.