No século X os condes de Présaras fundan nestas terras un cenobio dúplice familiar. Esta pequena comunidade intégrase no Císter no século XII por decisión de Afonso VII, gran defensor desta orde. Posteriormente pasa a formar parte da Cuadraxésima Congregación de Castela, e convértese nunha comunidade moi activa. No século XIX a Desamortización supón o abandono e a deterioración da edificación, pero grazas á compra do inmoble polo cardeal Payá evítase a súa destrución. Xa na década de 1950 recibirá unha nova comunidade relixiosa, esta vez da Orde beneditina, e será restaurado parcialmente. Na actualidade a Xunta de Galicia favoreceu outro importante labor de rehabilitación, cuxo obxectivo é a igrexa e outras dependencias monacais.

Logo do florecemento medieval, Sobrado vive unha ampla época de esplendor entre os séculos XV e XVIII, o que tamén provocou a perda de boa parte da fábrica románica para se adaptar á estética imperante en cada momento. O refectorio, a cociña e a capela de San Xoán, apegada ao brazo norte do cruceiro, son parte dos poucos espazos conservados de época medieval. O conxunto conta ademais con tres claustros: o chamado claustro Grande, iniciado no XVI e finalizado no XVIII; o da Hospedería ou tamén coñecido como o dos Peregrinos, levantado no século XVI; e o claustro das Procesións ou das Caras, pola decoración con  medallóns con bustos de distintos personaxes. Este último é obra do XVI e XVIII, aséntase sobre o orixinal claustro cisterciense e está comunicado coas dependencias que se conservan do mosteiro medieval antes citadas.

A igrexa do cenobio transfórmase a partir do século XVII para se converter nunha construción barroca. Presenta planta de cruz latina e tres naves no corpo principal, a central, de maior proporción. O deseño da fachada é obra de Pedro de Monteagudo. Destacan no seu interior as capelas da Madalena e do Rosario, así como a sancristía renacentista.

Foi declarado Monumento Histórico Artístico Nacional en 1931 e en 2015; ao formar parte do Camiño Norte, recibe tamén a declaración de Patrimonio da Humanidade pola UNESCO.